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レポート３


Cytochrome C（90〜120残基程度） のマルチプルアライメントを作成し、進化の過程でアミノ酸配列が変化してきた様子を見てみよう！
Cytochrome C は、ミトコンドリア表面に存在しているヘムタンパク質で、電子伝達に携わっている。 アミノ酸配列に基づく分子系統樹解析が最初に行われたタンパク質であり、変異の速度が非常に遅く、 広い生物種で配列がかなり類似しているという特徴を持っている。
この Cytochrome C の配列を広い範囲の生物種から集めて（10種以上）、マルチプルアライメントおよび 系統樹を作成しなさい。

■レポートについて
以下の項目でレポートを作成すること。
  • 10種以上の生物の Cytochrome C のアミノ酸配列（マルチ FASTA 形式）
  • マルチプルアライメント
  • 系統樹
  • 【考察課題１】　作成した系統樹より、生物の外見から見た違いとアミノ酸配列における相同性との関係性についてまとめなさい。
  • 【考察課題２】　特に保存されているアミノ酸はあるか？　もし存在していればそれはどのような利用からだと考えられるか考察しなさい。


■例）
まず、配列をFASTA 形式で集めて、図のようにマルチ FASTA ファイルを作成します。
配列は、PIR で集めると便利かもしれません。

赤丸で示したボタンをクリックすると、タンパク名や配列の長さなどの項目を指定して検索することができます。

次に、GenomeNet のトップページの左メニューから 配列解析を選択し、さらに ClustalW を選択して、作成したマルチ FASTA ファイルを指定し、 マルチプルアライメントを実行します。

＜マルチプルアライメントの結果例＞

＜系統樹の結果例＞
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©kazuo