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４-１.　タンパク質立体構造データベース：PDB（Protein Data Bank）

■ タンパク３０００プロジェクト


  • プロジェクトの目的

    • タンパク３０００プロジェクトは、産学官の最適な研究機関によって国家的・社会的課題に対応した研究開発プロジェクトに重点的に取り組む「新世紀重点研究創生プラン（RR2002）」の一環として、文部科学省が平成１４年度より開始したものです。 世界最先端設備（NMR、大型放射光施設等）を駆使して、我が国発のゲノム創薬の実現等を目指し、我が国の研究機関の能力を結集して、主要と思われるタンパク質の1/3（約３０００種）以上の基本構造及びその機能を解析するとともに、成果の特許化まで視野に入れた研究開発を推進します。
  • プロジェクトの概要

    • タンパク質は、複雑な生命現象を司る基本的な物質であり、多くの疾患はタンパク質の様々な働きに起因します。そのため、疾患に関連するタンパク質の構造及び機能を解析すると、タンパク質の働きを制御することができる化合物を予測することができ、創薬プロセスを大幅に短縮することが可能となります。 タンパク質そのものは全体で約10万種類以上あるとも言われていますが、タンパク質を構成する基本構造は、約１万種類程度しかないと考えられています。その解析に向けて研究ポテンシャルを結集し、戦略的に資源を投入して取り組むことにより、世界に先駆けて成果を得て、適切な権利化・技術移転を図ることが重要となっています。 これに基づき研究成果を迅速に国民の健康増進、長寿に反映させることを目標としています。

    文部科学省 タンパク3000プロジェクト成果データベース

■ PDB とは？（http://www.rcsb.org/pdb/）

Protein Data Bank の略。
RCSB(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics)が公開しているタンパク質構造データベース。 現在、PDBには、X 線結晶構造解析または NMR で決定された、 32,823（2005.09.27現在）のタンパク質（核酸、糖を含む）の立体構造データが登録されています。
日本では大阪大学にミラーサイトがあり、大阪大学のサイトでは、 PDBと関連データベースやPDBをXML化したデータベースなどを統合して、PDBj（http://www.pdbj.org/）として公開してます。

■ 立体構造データとは？

タンパク質を構成する原子の x、y、z 座標データのリスト。

[ 演習 1 ]
実際に、PDB のデータにアクセスし、立体構造データおよび立体構造を見てみよう。
23番目のアミノ酸の座標データを抽出して、アミノ酸の構造上の原子との対応を確認しよう。

PDB ID : 1AJ9

■ 構造を見る

立体構造を見るには、"Jmol" をクリック。

　※Asymmetric Unit : 結晶構造中での繰り返しの最小単位
　※Assumed Biological Molecule : 予想される生体内中での複合体
[ 演習 2 ]
Asymmetric UnitとBiological Moleculeの立体構造のスクリーンショットを撮り、同じかどうか、異なる場合はどのように異なるかを確認しよう。

PDB ID : 1IER、1AJ9


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