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課題5


以下のアミノ酸配列のタンパク質が膜タンパク質であるか否かを SOSUI により調べなさい。 また、実際の立体構造データが存在するものについては、PDB よりデータをダウンロードし、 立体構造データが存在しないものについては、SWISS-MODEL で構造予測して構造を確認しなさい。 これらの結果より、このタンパク質の機能および このタンパク質が膜タンパク質である場合は、膜にどのように埋もれているか考察しなさい (「膜タンパク質の特徴」の図中(a)〜(d)のどの形式であるかなど)。
Sequence 1
evklsgdarmgvmyngddwnfssrsrvlftmsgttdsglefgasfkahesvgaetgedgt vflsgafgkiemgdalgasealfgdlyevgytdlddrggndipyltgderltaednpvll ytysagafsvaasmsdgkvgetseddaqemavaaaytfgnytvglgyekidspdtalmad meqlelaaiakfgatnvkayyadgeldrdfaravfdltpvaaaatavdhkayglsvdstf gattvggyvqvldidtiddvtyyglgasydlgggasivggiadndlpnsdmvadlgvkfkf

Sequence 2
mapmlsgllarlvklllgrhgsalhwraagaatvllvivllagsylavlaergapgaqli typralwwsvetattvgygdlypvtlwgrcvavvvmvagitsfglvtaalatwfvgreqe rrgh

Sequence 3
MVQKSRNGGVYPGTSGEKKLKVGFVGLDPGAPDSTRDGALLIAGSEAPKRGSVLSKPRTG GAGAGKPPKRNAFYRKLQNFLYNVLERPRGWAFIYHAYVFLLVFSCLVLSVFSTIKEYEK SSEGALYILEIVTIVVFGVEYFVRIWAAGCCCRYRGWRGRLKFARKPFCVIDIMVLIASI AVLAAGSQGNVFATSALRSLRFLQILRMIRMDRRGGTWKLLGSVVYAHSKELVTAWYIGF LCLILASFLVYLAEKGENDHFDTYADALWWGLITLTTIGYGDKYPQTWNGRLLAATFTLI GVSFFALPAGILGSGFALKVQEQHRQKHFEKRRNPAAGLIQSAWRFYATNLSRTDLHSTW
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