REBASEという制限酵素のデータベースがあり、 酵素名や切断部位がまとめられたファイルをダウンロードすることができます。

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

REBASE file → Download REBASE Data → Download REBASE Data → allenz

<1> 制限酵素名
<2> この特異性を持った始めて発見された酵素名
<3> 生物種
<4> この情報を提供した研究者又は団体
<5> 認識する配列
<6> メチル化部位
<7> 業者
<8> 参考文献

1. ５ ’から３’へと書かれている。
2. 切断部位が知られている場合は、＾で示されている。
3. 認識部位から離れた位置で切断する酵素は、 カッコの中に認識部位から切断部位までの塩基数を表す。
   例えば、
   HgaI GACGC (5/10) は：
   　5’ GACGCNNNNN^　　　　　　　3’
   　3’ CTGCGNNNNNNNNNN^　　5’
   を意味している。
   
4. 塩基が曖昧な場合、以下のコードを使う。
   - R = G 又は A
   - Y = C 又は T　　- B = A以外
   - M = C 又は A　　- D = C以外
   - K = G 又は T　　- H = G以外
   - S = G 又は C　　- V = T以外
   - W = T 又は A　　- N = G 又は C 又は T 又は A