2005年度 生命情報計算機演習第3回 タンパク質立体構造分類データベース:CATH、SCOP■ タンパク質立体構造分類データベース
タンパク質そのもの、つまりアミノ酸配列は、全体で約10万種類以上あるとも言われていますが、
タンパク質を構成する基本立体構造は、約1万種類程度しかないと考えられています。
この立体構造に着目し、階層的に分類、比較を行っているデータベースが SCOP や CATH です。
このような構造分類は、タンパク質の機能を予測・解析するのに非常に重要です。
それぞれのサイトへはもちろん直接アクセスできますが、PDB からもリンクが張られていて(Structural Neighbors)、 対象としているタンパク質がどの分類に属するのかを知ることができます。 ■ CATH Protein Structure Classification
University College London により構築されたデータベースです。
タンパク質の立体構造をプログラムによりドメイン単位に分割し、
分割されたドメイン構造をプログラムおよび人の目で分類します。
次に、CATH で定義されている階層について示します。
ここで、Domain という項目の文字をクリックすると、 その分子に関する CATH における登録情報が表示されます。 立体構造および配列により詳細に分類されています。 数字は、各階層(Level)での分類を表しています。 Class の右の 1 をクリックすると Class の 1(Mainly Alpha) に存在する 5つの Architecture レベルがリストで表示されます。 ■ SCOP(Structural Classification of Proteins)
英国 MRC Laboratory of Molecular Biology により構築されたデータベース。
タンパク質の立体構造を目で比較し、手動で分類しています。次の階層により分類されています。
[ 課題 3 ]
次のタンパク質の機能、立体構造の特徴について調べ、2つのタンパク質の関連について考察しなさい。 また、アミノ酸配列、立体構造データをそれぞれダウンロードしなさい。 ・Homo sapiens(Human) Lysozyme (130残基) ・Homo sapiens(Human) α-Lactalbumin (123残基) ※ PDB ファイルは提出しなくてもよい。レポートには PDB ID を記載しておくこと。 |